Tout commence par l'apparition d'une flotte de vaisseaux appartenant au peuple Métanoïde (un peuple auquel appartient Hell Motheria, aperçue dans le film Galaxy Express 999 - Eternal Fantasy).
Ces vaisseaux dits "Phantasme" utilisent un système de propulsion par déplacement des ténèbres et sont pilotés par les soldats des métanoïdes, les êtres du manteau (déjà vus également dans Eternal Fantasy, ainsi que dans DNA sights 999.9).

 

A bord du vaisseau principal de l'armada, se trouve le commandant Twist Barrel qui lance une une attaque contre l'un des trains des Galaxy Railways. Aussitôt, le peloton Cepheus est envoyé sur les lieux.

La force de frappe des métanoïdes est telle que le peloton Cepheus ne s'en sort que grâce à un croiseur de la Fédération terrienne qui se sacrifie pour faire bouclier.
Twist Barrel, froid et déterminé, est intrigué par l'attitude des humains et décide de ne pas les pourchasser, provoquant l'incompréhension de son subalterne.

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Pendant ce temps, Yuki Sexaroïd est en proie à des douleurs aiguës et agressée par des visions floues. Lors de l'une de ces crises, alors qu'elle évoque son attirance pour Manabu avec Louise Fort Drake, elle est terrassée et perd conscience.

Yuki est conduite auprès d'un médecin spécialiste des androïdes qui décide de la reformater. Mais le processus est interrompu par Layla Destiny Shura qui explique à Yuki que ses visions proviennent des souvenirs de l'être humain d'après lequel son modèle a été créé. Il s'agit de Yuki Mori (de la série Yamato). Yuki Sexaroïd est alors en paix avec elle-même et peut reprendre du service pour aller affronter l'ennemi. 

Mais avant l'affrontement final, une médecin appartenant à la Fédération souhaite s'entretenir avec Yuki. Son nom de famille est Mori et elle dit être en quelque sorte son ancêtre. Après un échange respectueux entre les deux femmes, la bataille peut enfin s'engager.

 

Ayant pu s'infiltrer à bord du vaisseau principal, Manabu, Louise et Yuki se retrouvent face à Twist Barrel qui avoue avoir du respect pour les êtres humains et souhaiterait les connaître davantage. Le subalterne de Twist Barrel, agacé par les agissements du commandant tente de le tuer, l'accusant de traîtrise, mais Yuki s'interpose pour protéger l'envahisseur. Le commandant métanoïde, toujours très calme, active alors un sas, expulsant son homme de main dans l'espace.

Touché par le comportement de certains humains prêts à protéger même leurs ennemis, Twist Barrel décide de renoncer à la conquête de la galaxie.

Il lui reste cependant à expliquer son geste à la souveraine des métanoïdes, la mystérieuse et ténébreuse Dark Queen.
Le commandant est prêt à accepter son jugement et à subir les conséquences de sa décision. Mais, sans un mot, la souveraine verse une larme dont la signification reste énigmatique.