L’histoire de Koshika commence à Tokyo le 9 Septembre 2099. Un navire dimensionnel, sous le commandement de la belle et énigmatique Yô Haguro, se lance dans l'espace pour sauver la Terre d'une annihilation imminente et retrouver sa planète jumelle, dont le mythe raconte qu’elle était recouverte de fleurs.

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​​A bord du vaisseau, se trouvent un jeune pilote, du nom de Juzo Kodai, adepte de la gâchette, ainsi qu'une jeune fille, Miyuki Moriki, dont la tenue rose souligne ses charmes naturels.

Ils seront rejoints par un jeune garçon laveur de carreau, Hajime Umino, qui semble se retrouver malgré lui dans l’aventure. Mais le mystérieux pendentif argenté en forme de chat qu’il porte autour du cou est un signe que son destin était lié à celui de ses compagnons. 

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Après s’être retrouvés face à leur double dans une autre dimension, ils sont attaqués par une flotte de vaisseaux. Mais une sombre entité tout droit sortie de l’amulette féline représentant Koshika, le défunt chat d'Hajime, leur vient en aide et leur permet de rejoindre la planète qu’il recherchait.